У сотрудника за месяц зарплата с минусом, в целом по организации сумму начисленной зарплаты указали, а как в оборотке будет видно, что по одному сотруднику долг, который нужно погасить или в БГУ это не отражается?

В БГУ отразить через Операцию бух. Дт 302,11 Кт 206.11 Красное сторно.
Основание: п 80 Инстр.162н
Отражение задолженности работника по заработной плате, возникающей при перерасчете ранее выплаченной ему заработной платы, отражается по дебету счета 030211830 "Уменьшение кредиторской задолженности по заработной плате" и кредиту счета 020611660 "Уменьшение дебиторской задолженности по оплате труда" методом "Красное сторно".