Как произвести трансформацию оборотов 2019г. по новым счетам и КОСГУ, будет ли реализован механизм и когда?

Методических указаний Минфина о порядке трансформации оборотов текущего 2019 годана данный момент не существует. В текущих версиях конфигурации пока возможно только перепроведение документов при переходе на новый план счетов с 01.01.2019 или использование Сторно.

Опубликует Минфин методические указания по переходу - включим в конфигурацию соответсвующие инструменты.

Если методических рекомендаций не будет - это означает, что Минфином решение передано на уровень учреждения - это уже вопрос именно учреждения, учреждению необходимо разработат методику и заказать реализацию у обслуживающих партнеров.
Для переноса остатков в межотчетный период (формирования входящих остатков текущего года) в конфигурации БГУ ред. 2 есть обработка "Помощник переноса остатков с устаревших счетов" (Администрирование - Обслуживание - Корректировка данных).