Не заполняются автоматически вкладки книги учета доходов и расходов, не подтягиваются из платежки.

В учетной политике по НУ при УСН есть порядок признания расходов. Поэтому при оплате поставщику не всегда могут быть расходы УСН, например если это аванс . Расходы УСН признаются тогда, когда выполнены все условия, определенные в учетной политике. При перечислении аванса выполнено только одно необходимое условие - оплата, При проведении документа Поступление, закрывающего аванс, появятся расходы УСН.