Сотрудник на полставки, но нет ни количества ставок, ни настроек в графике. И считает зарплату неправильно.

Настройки не применились правильно. Нужно зайти Настройка- Расчет зарплаты-Настройка состава начислнений и удержаний, снять флаг применяется почасовая оплата, и поставить. Далее в приеме указать кол-во ставок 1/2 указать в графике работы что это неполное время, пересчитать начисление зарплаты.