Вели зарплату в БП и все начисления были в документе Начисление зарплаты, перешли на ЗУП, теперь в начислении зарплаты нет отпускных. Почему?

В ЗУП все начисления регистрируются отдельными документами, т.е. начисление отпуска выполняется в документе Отпуск и в начислении зарплаты этого начисления уже не будет. Анализировать правильность начислений нужно по отчетам Зарплата - Отчеты по зарплате - полный свод и Анализ зарплаты по сотрудникам в целом за период.