Как перенести часть расходов на косвенные? Поскольку себестоимость всегда выше реализации.

Если в учетной политике выбран способ для общехозяйственных расходов "В себестоимость продукции" - то для уменьшения себестоимости можно использовать документ Инвентаризация НЗП.
В случае использования метода директ-костинг - назначить способы отражения со счетом 26 по тем расходам, которые (по выбору бухгалтера) не должны включаться в себестоимость продукции.