Можно ли сделать в ЗУП остатки так, как в БП, чтобы было сальдо на конец месяца?

Можно, Настройки - Дополнительные настройки - Выводить задолженность в отчетах по бух. учету. Можно переключать, но при этом, при смене настройки, нужно закрыть отчет и открыть снова.