В штатном расписании не правильно выводится наименование должности. Указано Начальник отдела, а должен быть просто Начальник. Можно переименовать должность?

Нет. При переименовании должности, она заменится во всех местах использвоания. Если должна быть должность и Начальник отдела и Начальник, нужно сделать изменение штатного расписания от 01.06.2018, удалить позиции которые нужно заменить, создать новые, но при этом выбрать должность Начальник. Провести документ. В документе Кадровый перевод списком сотрудникам указать созданные позиции.