Если при перерасчете документа Отпуск сумма меняется, то нужно ее доплатить сотруднику? Как это сделать?

Да, если средний заработок изменился в документе отпуск красным будет написано, что необходимо выполнить перерасчет. Открыть первоначальный документ - Нажать кнопку Исправить (снизу справа), откроется новый документ. В нем указать месяц, в котором будет произведен перерасчет, флажок "Начислить зарплату" снять. Режим выплаты поставить с зарплатой, в начислении зарплаты сотрудника пересчитать, суммы кроме взносов не должны измениться.