Можно ли в программе вести контроль полученных договоров? Где можно видеть, (при условии , что мы будем ставить отметку о возврате подписанного договора) галочки о получении оригинала?

Администрирование - Общие настройки - Дополнительные реквизиты - для Договора добавить новый реквизит Оригинал получен с типом значения Булево, затем в договоре контрагента в Доп. реквизитах установить флаг.