Подскажите, есть ли в программе возможность автоматически рассчитать пеню по договору или все вручную надо рассчитывать?

Нет, автоматического расчета пени нет и не планируется, только вручную в фиксированной сумме. Для отражения предъявления требования контрагенту об уплате неустойки, пени применяется документ Операция (бухгалтерская) из меню Учет и отчетность Дт 209.41 Кт 401.141
https://its.1c.ru/db/bgukazen#content:287:bgu20