Согласно письма Министерства труда аванс должен выплачиваться за отработанные дни без учета НДФЛ. Как настроить это в программе ЗУП?

Настройки такой нет, т.к. письмо носит рекомендательный характер, но если убрать начисленный НДФЛ, то его надо удалить вручную из начисления за первую половину месяца. Аванс будет выплачен полностью за отработанное время.