Почему при создании Расходного кассового ордера на основании Поступления товаров я не могу выбрать Кассу ККМ? У нас 2 кассы (т.е.2 кассовых аппарата), а отображается у нас одна касса.

Понятие Касса и Касса КММ - это разные понятия.
Касса - это касса магазина, в которую сдается выручка из Касс ККМ и из которой оплачивается товар поставщику. Другими словами это сейф магазина
Касса ККМ - это так сказать денежный ящик кассира
Ежедневно вы должны выручку перемещать из Касс ККМ и в Основную кассу магазина и оплачивать товар вы должны из кассы магазина.