Премии сотрудникам вводим в документе начисление зарплаты на вкладке Доначисления, очень не удобно. Можно настроить, чтобы премии начислялись автоматически, но не в отдельном документе, а в документе Начисление зарплаты?

Настройки -Начисления - Создать - Вид начисления: Премия - Выполняется: Только если введено значение показателя - Формула: Создать показатель, выбрать в формуле - На вкладке Расчет среднего указать Премия учитываемая частично.
Настройка - Шаблоны ввода исходных данных - Создать - Отметить флажком показатель - На вкладке Дополнительно отметить "Для сотрудников" и "показывать подразделение".
Перед начислением зарплаты заполнить документ Зарплата - Данные для расчета зарплаты.
Начисление будет выполнено в начислении зарплаты на вкладке Начисления.