Можно ли принимать маркированные лекарства без программы, а просто на сайте ЦРПТ?

Да, можно. Но для этого Вам необходимо уметь программировать (формировать файлы xml согласно инструкции и загружать файлы xml в ЦРПТ).
А также в ЦРПТ не предусмотрена работа со сканером штрихкодов, поэтому сверять фактически полученный товар с данными поставщика не получится.
Исходя из вышеизложенного для удобства работы Вам необходимо приобрести дополнительно программное обеспечение, например, 1С:МДЛП.