У нас розничная аптека. Сейчас в аптеке имеются лекарственные средства с маркировкой. Как нам продавать такие медикаменты?

Если такие лекарства произведены до 1 июля 2020г и не числятся за Вами в МДЛП (т.е. по МДЛП вы их не принимали), то продаете их без сканирования марки, просто штрих код (по-старому).
А вот если такие лекарства произведены до 1 июля 2020 г, но вы их уже принимали по МДЛП, т.е. коды марок числятся в МДЛП за Вами, то и продавать должны со сканированием марки, чтобы марка выбыла из оборота и не осталась числиться за Вами