Поставщик прислал немаркированные сигареты по ЭДО. Мы такие сигареты принимать с 1.07.2020 г. не можем. Мы хотим отклонить УПД, а поставщик просить утвердить, а потом сделать возврат этих сигарет. Как правильно нам сделать?

Ни к коем случае не подтверждать УПД с такими сигаретами. Это нарушение. С 1.07.2020 г. запрещен оборот немаркированных сигарет.
Однозначно УПД отклонить.
А если вы примите их- это уже нарушение, а потом оформите возврат поставщику - это второе нарушение.