У нас на товар предоставляется скидка. Но есть товар, на который мы не можем предоставить скидку, т.к. наценка очень маленькая. Мы этот товар включили в отдельную группу номенклатуры. Как дальше настроить?

В вашем случае можно создать сегмент номенклатуры с настройкой формирования " входит в группу - не равно - и выбрать эту папку, на которую не предоставляется скидка".
Затем настроить регламентное задание, которое будет периодически (например,раз в 1 час) формировать сегмент номенклатуры.
А в самой скидке указать, что скидка предоставляется:
1. на строку, а не на документ, в которой выполнились условия.
2. на сегмент номенклатуры, который вы ранее создали.