На каких счетах доходов(расходов) должна отражаться реализация транспортных услуг?

Если такая реализация является одним из видов основной деят-ти организации, то отражение такое же, как и любая другая реализация по основной деят-ти.
Если же это случайные (не предусмотренные уставом) продажи (ОС. материалы), то используются счета 91.