После обновления программы себестоимость проданных товаров списывается не полностью.

Ошибка не имеет отношения к обновлению программы. Учет запасов ведется по средней, но добавлено субконто Партии. Допрасходы отражались Авансовым отчетом, где заполнялась партия. В результате некорректно списывается себестоимость проданных товаров с учетом доп. расходов.
Следует: 1.В Параметрах учета убрать субконто Партии
2. На основании Поступления товаров ввести Поступление допрасходов
3. В Авансовом отчете закрыть задолженность поставщику на закладке Оплата.