Вопрос: Почему система при увольнении сотрудников компенсацию за неиспользованный отпуск расчитывает из разных средних заработков - у одних берет по календарным дням, у других по шестидневке? Какими настройками это можно регулировать?

Если срочный трудовой договор заключен на период до 2-х месяцев, при расчете среднего принимается средний заработок (по шестидневке), если срочный трудовой договор заключается на период более 2-х месяц, при расчете среднего применяется средний заработок (по календарным дням).