У нас настроено распределение продаж по товарным группам: алкоголь продаем с организации ООО, все остальное - с ИП Можно ли в одном чеке ККМ сразу считывать и алкоголь и прочий товар?

Да, можно: алкоголь пробьется с фискального регистратора ООО, а прочий товар - с фискального регистратора ИП.
Но я бы рекомендовала пробивать дмумя отдельными чеками ККМ для того, чтобы денежные средства в денежных ящиках сходились.