Пометили на удаление номенклатуру, не можем удалить, т.к. по ней было поступление и продажа что делать?

Да, удалить номенклатуру вы не сможете.
Вы можете создать группу номенклатуры, например "на удаление" и всю помеченную номенклатуру перенести в это группу.
Чтобы это быстро сделать вы можете перейти в "ЕЩЕ"- настроить список - в отборе указать "пометка на удаление" равно "да"
После этого у вас отобразится только номенклатура помеченная на удаление. Вам необходимо выделить все позиции (с помощью shift) -нажать правой кнопкой-переместить в группу и выбрать группу "на удаление"
Зайти в настроить список и убрать отбор.