Почему иногда при пробитии чека он по онлайн кассе пробивается, а в 1С отображается как отложенный?

Это часто возникает при совпадении времени пробития чека и выполнения сценария синхронизации данных.
По журналу регистрации видно, что в это время проходила синхронизация данных.
Моя рекомендация настроить синхронизацию данных по конкретному расписанию или выполнять врчную. Если у вас синхронизация проходит каждые 5 мин, вероятность данной ошибки будет большая.