Если документы оформлены задним числом (поздно приносят документы) и получается что из-за даты регистрационные номера документов не по порядку. Это существенно?

Нумерация документов в программе не регламентируется законодательно, но если сформированный документ и соответственно его номер - это первичный документ, то хронологию нумерации лучше соблюдать, чтобы не нарушить п.3 ч.2 ст.9 "Первичный учетный документ должен быть составлен при совершении факта хозяйственной жизни, а если это не представляется возможным - непосредственно после его окончания. Лицо, ответственное за оформление факта хозяйственной жизни, обеспечивает своевременную передачу первичных учетных документов для регистрации содержащихся в них данных в регистрах бухгалтерского учета, а также достоверность этих данных. Лицо, на которое возложено ведение бухгалтерского учета, и лицо, с которым заключен договор об оказании услуг по ведению бухгалтерского учета, не несут ответственность за соответствие составленных другими лицами первичных учетных документов свершившимся фактам хозяйственной жизни."