При начислении услуг по приборам учета, расход получается отрицательный.

Нужно проверить заполнение документов Ввод показаний счетчика с вкл. флагом Ввод начальных показаний (должен быть только один документ!) и все последующие, регистрирующие текущие показания за каждый месяц. Проверить расход можно с помощью отчета Сведения по потреблениям приборов учета.