В технологическом анализе выдает сообщение о несоответствии данных бухучета и регистров, т.к. была введена операция вручную. Мы внесли изменения через регистры документ Изменение данных ОС, в карточке изменения прошли, но в инв. карточке на печать выводится сумма -350, 0 руб. и в технологическом анализе ошибка не уходит.

В данном случае применение документа "Изменение данных ОС, НМА, НПА" некорректно, так как он изменяет первоначальную стоимость, а не балансовую. И не делает движений по регистру накопления "Стоимость объектов ОС". Необходимо отменить его проведение.
Для добавления недостающих движений по регистру "Стоимость объектов ОС" есть два способа:
1. Создать документ "Корректировка регистров", внести запись в регистр накопления "Стоимость объектов основных средств" ("Это прочее изменение" = "Да", Причина - "Модернизация"). Вам также требуется добавить запись по регистру "Амортизация объектов основных средств", так как была доначислена амортизация на 104 счет.
2. Дождаться версии 2.0.49. В этой версии документ сам будет делать движения в регистры накопления "Стоимость объектов основных средств" и "Амортизация объектов основных средств". Необходимо будет лишь перепровести документ, чтобы появились движения.