У нас один фискальник и с него продаем в опт и розницу, нам можно организовать так, чтобы часть товаров пробивали через накладные, а часть через рмк?

Можно, но это не правильно, т.к. часть д\с у вас будет находиться в кассе ккм, а часть в кассе основной, в конце дня при закрытие смены из ККТ у вас будет выемка на всю сумму,а программа не сделает эту выемку, т.к. такого количества д/с нет в кассе кмм.
И в результате вам будет сложно понять где у вас сколько д\с.