Может ли быть так, что чек по онлайн кассе пробился, а в 1С нет и из-за этого у нас недостача товаров?

Ежедневно вы должны сверять сумму продаж по z-отчету и сумму в 1С в документе "Отчет о розничных продажах"
Сответственно, если суммы сходятся, то недостача связана с чем-то другим: например пересорт, кража и др.причины.
Иногда бывает ситуация, когда в 1С чек может не пробиться, но тогда чек не войдет в отчет о розничных продажах и сумма у вас не сойдется.