У нас сотрудники приняты в одном подразделении, но работы выполняют в разных, как сделать чтобы НДФЛ учитывался правильно?

В карточке организации в учетной политике включить использование территорий, Настройки Территории, заполнить справочник Территории. Кадры - приемы переводы увольнения-перемещения между территориями. Создавать документы при изменениях территории работ сотрудников, зарплата будет учитываться по соответствующей территории регистрации ФНС.