После того как закончили проводить пересчет товаров, что нужно сделать, как выровнять остатки?

В документе "Пересчет товаров" на закладке "Главное" поставить статус "Выполнено" и провести документ.
Если были выявлены излишки и\или недостачи, то на основании "Приказа на пересчет товаров" создать документ "Оприходование товаров" и\или "Списание товаров" соответственно.
После этого в "Приказе на пересчет товаров" поменять статус на "Пересчет завершен"