Когда мы перейдем на учет медикаментов по МДЛП, нам нужно будет создавать новые карточки (дубли), где будем указывать, что данный товар подлежит маркировке, или как?

Нет, то что товар подлежит маркировке указывается в характеристике (серии), там устанавливается флаг "Маркируемый товар". Поэтому заводить дубли карточек не нужно будет. Просто для промаркированной серии будете устанавливать этот флаг.