Не могу провести реализацию, программа пишет, что недостаточно товара. Но товар есть, почему так происходит?

Да, по отчету "Ведомость товаров на складе" у вас остаток есть, а по отчету "Ведомость товаров по организации" у Вас остатка не хватает.
Посмотреть остатки товаров организации можно с помощью отчета Финансовый результат и контроллинг - Отчету по финансовому результату и контроллингу- Ведомость по товарам организации
В двух отчетах Вам необходимо расшифровать движение и сравнить где разница.