Раньше был приход товаров по магазинам, а теперь на склад. Как это правильно оформить в программе.

Из оптового склада можно перемещать товары на склад НТТ(с суммовой розницей).Если предприятие на УСН-доходы и детальный учет торговли ведется во внешней программе, то можно использовать единый служебный элемент в справочнике Номенклатура для учета движения товаров.