Если в отпуск входит 2 периода работы это будет 2 приказа или один?

По умолчанию в программе делается один документ Отпуск с указанным общим рабочим годом, остатки отпуска по годам можно посмотреть в отчете Кадры - Кадровые отчеты - Остатки отпусков. При необходимости можно сделать двумя документами отпуск на разные периоды, при этом исправить дату выплаты отпуска.