У нас в аптеке почти весь товар немаркированный, что с ним делать после 1 июля 2020 г.? Как продавать?

Продавать как и продавали ранее, без считывания кода маркировки, т.е. при продаже просто сканируете Штрихкод EAN-13 и пробиваете чек.
Если на товар нанесен код маркировки, но вы его приобретали до 1 июля 2020 г. без подтверждения в МДЛП, то тоже продаете без считывания кода маркировки.