У нас общая система налогообложения. Пробиваем чек, а там ставка "Без НДС". Почему? В документе указана ставка НДС 20%

Т.к. у вас оформлен ПКО с погашением задолженности (оплата кредита). В таком случае в чеке ставка НДС должна быть "Без НДС" (согласно письма ФНС России от 04.02.2019 N ЕД-4-20/1812@ "О направлении методических указаний")
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_317574/