А что теперь будет с учетом товаров в системе «Меркурий»? Или придется учитывать товар теперь в двух системах?

Нет после внедрения маркировки молочной продукции система Меркурий будет контролировать сырье, а система честный Знак готовую продукцию. То есть Меркурий будет отслеживать процесс производства, а Честный Знак оборот готовой продукции от производителя до конечного потребителя.