Мы покупаем у поставщика кальян в упаковках, а потом оказываем услуги по изготовлению кальяна для заведения. Нам сказали, что списывать кальян мы должны документом "Вывод из оборота". Но не можем найти документ в программах 1С.

Да, действительно. Для табачной продукции в программах 1С еще не предусмотрен документ "Вывод из оборота".
Со стороны ЦРПТ также такой документ еще не предусмотрен.
Разработчики 1С делают все возможное, чтобы поддержка появилась как можно скорее.