В розничном магазине остались сигареты, которые не промаркированы. Что мне с ними делать? Я могу их продавать?

Нет, продавать вы их пока не можете.
Но скоро в личном кабинете ЦРПТ вы сможете заказать на такие сигареты марки и ввести их в оборот. И соответственно после этого сможете продавать, считывая марку.