У нас закрылся магазин. Можем мы ККТ с ФН использовать на основном подразделении для пробития чеков? Или нужно покупать новый ФН?

Да, можно. Но обязательно проверьте, чтобы срок действия ФН подходил. Например, если у Вас система налогообложения УСН Доходы, но в магазине вы торговали подакцизным товаром (например, алкоголем), то срок ФН у вас должен быть на 15 (13) мес. А на основном подразделении у Вас нет подакцизного товара, соответственно должны использовать ФН на 36 мес. В этом случае перерегистрировать неправильно будет.