Добрый день. Вопрос по эквайрингу. В книгу доходов попадает сумма с процентами банка.

Это правильно, т.к. при поступлении денег на счет производится зачет с банком по его комиссии, по этому поступившая сумма меньше реализации. Но, если бы не было зачета, то вначале ден. ср-ва в сумме реализации зашли бы на счет, а затем со счета перечислялась комиссия банка. Таким образом в доходы УСН попадает не фактически поступившая сумма, а без учета комиссии.