У нас АТОЛ 55Ф. ФН с буквой М. Нам нужно переходить на новым формат ФФД 1.2?

Да, нужно.
Атол 55Ф уже вошел в список ККТ, которые поддерживают формат 1.2.
Поэтому Вам дается 3 месяца на подготовку (август, сентябрь, октябрь).
За эти три месяца вы должны получить прошивку от АТОЛа, перепрошить ККТ, обновить программу, в вашем случае 1С:Розница, перейти на формат 1.2.