Вопрос: Подскажите как в БГУ настроить и провести ЭКСПРЕСС-проверку по налогу на прибыль и НДС?

Таких отчетов в БГУ нет. По налогу на прибыль можно рассматривать и анализировать регистры учета в разделе Налоги. По НДС - стандартные отчеты по счетам учета НДС 303.04, 210.11,210.12,210.13
По поводу отчета в БП- экспресс-проверка учета, в БГУ есть аналог - механизм проверок на соответствие бюджетному законодательству. Раздел Учет и отчетность- Технологический анализ.