В чем отличие чеков ККМ и Отчета о розничных продажах? Что должно быть, что нужно удалить?

И то и другое должно быть. Пока смена открыта и пробиваются чеки они накапливаются в журнале Чеки ККМ, и чеки делают движения, затем после закрытия смены формируется Отчет о розничных продажах на основании этих чеков, а сами чеки архивируются и уже не делают движения, а делает движение Отчет о розничных продажах.
И то и другое правильно, ничего удалять не нужно