Получено основное средство - комплекс, которое принято к учету как особо ценное имущество. В процессе эксплуатации возникла производственная необходимость разукомплектовать данное ОС. Может ли бюджетное учреждение провести такую разукомплектацию без согласования с учредителем?

Согласовывать обязательно, если учредителем (иным уполномоченным органом) предусмотрены в рамках утвержденного порядка списания особо ценного имущества особенности разукомплектации.
Иначе согласовывать не нужно, так как в законодательстве не дается понятия "разукомплектация" и фактически происходит замена одного объекта НФА на несколько, валюта баланса при этом не изменяется.