Обязательно ли учитывать средства во временном распоряжении в разрезе договоров?

Обязательно, причем не только в разрезе договоров, а в разрезе Контрагентов, договоров и направлений использования средств. Для самоконтроля заполнения полного состава аналитики рекомендую установить для счета 304.01 обязательное заполнение субконто Договоры и Виды обязательств.
В соответствии с Инстр. 157н 268. Аналитический учет средств, поступивших во временное распоряжение учреждения, ведется на Многографной карточке по каждому контрагенту в разрезе правовых оснований, видов поступлений (обязательств, в обеспечение которых они поступили) и направлений использования средств.