Можно сделать так, чтобы перерасчеты не выполнялись в начислении зарплаты, они нам не нужны, каждый раз чистить записи не удобно.

Настройка - Расчет зарплаты- прочие настройки зарплаты- выполнять доначисления и перерасчеты отдельным документом. В начислении перерасчетов не будет, даже если есть записи к перерасчету, пересчитать зарплату при необходимости можно будет в документе Доначисления, перерасчет.