Можно ли отправить КУДиР в ФНС в ответ на уведомление?

Да, возможно. Необходимо выполнить такие шаги:
Шаг 1: Сохранить КУДиР в формате PDF или другом формате, который принимает ФНС. Для этого переходим по вкладкам: Отчёты/ УСН/ Книга доходов и расходов УСН и выбираем необходимый период. Нажимаем кнопку "Сформировать", далее "Сохранить" и выбираем папку на компьютере, в которую будет сохранена КУДиР, а также формат для её переноса (например, PDF). Сохраняем всё через кнопку "Сохранить".
Шаг 2: Найти уведомление, которое прислала ФНС по следующему пути: 1С Отчётность/ Регламентированные отчёты/ Уведомления. Открываем нужное уведомление, нажимаем "Ответить", заполняем содержание ответа, а далее прикрепляем как вложенные документы ранее сохраненную КУДиР. Для этого, ниже поля "Содержание", нажимаем кнопку "Добавить", выбираем папку в которую была сохранена книга, выделяем выгруженные файлы КУДиР, нажимаем "Выбрать". В результате файлы добавлены в ответ на уведомление.
После заполнения содержания ответа, его можно будет отправить в ФНС.