Можно ли в 1С: Розница распечатать ценники только на тот товар, который есть на складе?

Да, конечно.
1. Открыть обработку "Печать этикеток и ценников" (Раздел Закупки - Сервис)
2. Указать в шапке магазин и выполнить команду "Показать отбор"
3. В отборе указать следующее:
склад равно "выбрать необходимый склад"
установить флаг "только с остатками на складе"
4. заполнить
5. скрыть отбор
Далее как обычно выбираете шаблон ценника и печатаете ценники